《十二生肖战纪》的故事背景设定在上古时期，那时轩辕大帝已经战胜了蚩尤兵主，开启了轩辕纪元。在这个新的时代里，以十二生肖族群为首的诸多种族和睦共处，共同维护着这片土地的和平。尽管各族属性不同，兽决迥异，偶尔会有一些小摩擦，但总体上保持着一种微妙的平衡。这种平静的状态已经持续了上千年，直到一个名为灭神的神秘组织突然出现。
