《忧郁的物怪庵第二季》继续讲述被妖怪附体的高中生芦屋花绘的故事。在偶然的机会下，她找到了一个神秘的联络方式，从而进入了专门除妖的物怪庵。在这里，她遇到了原本不高兴的店主安倍晴斋，两人因共同的目标而走到了一起。他们开始了一段充满未知与危险的除妖之旅，试图将那些因某些原因来到现世的妖怪送回隐世。在这个过程中，他们不仅要面对各种诡异妖怪，还要应对来自各方势力的干扰和挑战。随着剧情的推进，安倍与芦屋逐渐揭开了妖怪们的秘密，也在这场跨越现世与隐世的奇妙物语中找到了自己的使命与责任。
