在繁华的东京城，隐藏着一个秘密实验室，由科学家ユートニウム博士及其子肯研发神秘物质Z。一天，白光与黑光降临，击中了初中生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ和松原かおる，使她们意外获得了飞天小女警的力量。自此，东京城多了三位勇敢的守护者。然而，当黑光照射到东京动物园时，猴子们也获得了神秘力量，变成了小女警的敌人。面对强大的敌人，飞天小女警们毫不畏惧，展开了一场又一场的保卫战。她们不仅要与邪恶势力斗智斗勇，还要揭开隐藏在城市背后的秘密，最终成功守护了这座城市。
