《大清神捕2》讲述了梅雨墨在继承帝位后，面对阳城爆发的瘟疫危机，她决定带上佟安出宫微服私访。在黑店中，他们被日本女孩晴明所救。与此同时，白雪晴与秦三川一同进京调查瘟疫的源头。机缘巧合下，白雪晴与梅雨墨相遇。然而，皇城深宫中，六贝勒与仁贵妃的预谋暗潮汹涌，帝国主义势力的渗透让大清江山岌岌可危。一场关于权力、爱情和正义的较量即将展开。在这场危机四伏的旅程中，梅雨墨、佟安、白雪晴和秦三川将面临前所未有的挑战，他们的命运如何？大清江山又将何去何从？这一切都将在剧中一一揭晓。
