《双凤奇案》的故事背景设定在明朝正德年间，陕西省宝鸡府凤翔县。世袭指挥秦昆鹏的母亲为了结亲，给孙玉凤送去了玉镯，孙玉凤则以一幅荷花图作为回赠，两家因此定下婚约。然而，好景不长，尤彩凤的舅父母褚生和贾氏在尤家夜宿时惨遭杀害，更为离奇的是，贾氏的人头也不知所踪。尚朝奉，一个普通的市井小民，在夜晚捡到了一个包袱，里面竟是女人的人头。出于害怕被供出的本能，他竟然将人头丢入了朱砂井中。第二天，他试图掩盖自己的罪行，推卸责任，导致孙玉秀被诬陷为偷窃贼并逃走。县令钱树于，一个深受权势影响的官员，在受到书吏任义的操纵下，对案件进行了不公正的审理，判定孙玉秀的父亲孙国安赔偿巨额损失，孙国安对此不服，最终被冤枉入狱。孙玉凤的父亲也被卷入此案，但在上堂辩理时遭到钱树青的无理指责，被无情地押入监狱。女牢中的龙彩凤，作为孙玉凤的朋友，详细讲述了整个案件的经过。秦昆鹏的未婚妻孙玉凤听后，深感案件的不公，决定亲自前往府衙伸诉。知府宁信，一个看似公正的官员，在复审案件时，同样受到了权势的干扰，被买通的女仵作水蜜桃故意诬陷尤彩凤失节，导致宁信误信，错判尤彩凤与秦昆鹏通奸杀人罪名成立。孙玉凤对这样的判决极为不满，她毅然决然地前往省上告状。按察院的陈思三，一位公正无私的官员，在复审案件时，巧妙地通过女仵兰彩华破坏了尤彩凤的尿样，并错误地检验出尤彩凤怀有身孕，使得原本就复杂的案件变得更加扑朔迷离。发审官杜重仁，一个敢于挑战权威的官员，他乔装私访，深入调查，最终弄清了案件的真相。他不顾个人安危，从朱砂井中捞出了贾氏的人头与孙玉秀的尸身，将尚朝奉、胡媒婆、胡大楞等人缉拿归案。这部剧集不仅展现了明朝末年官场的腐败与黑暗，更通过一系列离奇的案件，揭示了人性的复杂与脆弱。剧中人物形象鲜明，剧情跌宕起伏，充满了悬疑与智慧，是一部不可多得的历史悬疑佳作。