《学园中暂停时间》的故事背景设定在一所位于城市繁华中心的高端女校，这里本应是青春与梦想交织的净土，却因一名神秘男子的到来而笼罩上了一层阴影。这名男子身着黑色长袍，脸上戴着一副诡异的面具，手中紧握着一支看似普通的手枪，但眼中却闪烁着不寻常的光芒。他自称是一名时间研究者，正在进行一项关于时间静止的实验。然而，实验尚未完全成功，他需要找到两个特殊的“容器”，才能彻底掌握时间的力量。
