《魔法阵都市剧场版2》作为《魔法阵都市》系列的剧场版续作，延续了前作的故事背景，即2024年的都市环境。影片紧接上一部剧场版的剧情，继续围绕主角香津美的内心世界展开。香津美在经历了母亲去世的悲痛后，面临着一系列生活上的巨大转变：她不得不接受父亲的遗产——那神秘而强大的魔法力量；她失去了母亲，这个曾经给予她无尽温暖和庇护的人；她的平凡生活似乎也在此刻走到了尽头。更为严峻的是，她被迫加入了AMP这个神秘而强大的组织，这让她感到自己仿佛被卷入了一个无法逃脱的命运漩涡。
