《时空转抄Nazca》的故事背景设定在日本，但其中融入了丰富的古代印加帝国元素。男主角馆正成，一个极富理想的乐天派，因父母在恐怖袭击中丧生，留下了一栋大房子和一大笔遗产。他立志成为美术老师，希望通过教育改变世界。在大学时代，他参加了服务性质的社团，并志愿到国外担任清除油污的义工，期间结识了女主角桐竹由花。她是一名自由撰稿的杂志记者，与馆正成订下婚约。然而，馆正成的叔叔觊觎他的遗产，试图拉拢他进入自己的公司。馆正成拒绝了叔叔的提议，却意外地被卷入了一场关于海洋污染的调查。在这场调查中，他不仅身患重病，还发现了叔叔的陷阱。在绝望中，他前世的记忆逐渐复苏，发现自己竟是印加帝国的战士亚瓦尔。与此同时，另一位男主角三浦恭资，一个叛逆的少年，在遇到馆正成后，被他的剑道技艺所折服，拜他为师。在一次全国剑道比赛中，三浦恭资的异常行为引起了馆正成的注意，但他并未觉醒，原来他的前世是印加帝国的战士比鲁卡。桐竹由花被杂志社派遣至印加帝国的所在地——秘鲁采访，三浦恭资要求随行，才慢慢发现了自己的前世。在印加帝国的前世里，比鲁卡原本是要献祭的小孩，他为了救青梅竹马阿古莉亚而杀人，后来在祭坛前被豹神翁沙所救。祭司们认为竟然有豹神相救，一定不是普通人，而且看出他有战士的资质，所以请剑术高超的贵族战士亚瓦尔训练他。亚瓦尔和比鲁卡因此成为好朋友。由于太阳神的神力伊列塔瑟的力量逐渐转弱，祭司们认为要挑选一位太阳贞女才能重新唤起他的力量。亚瓦尔也爱上了阿古莉雅，但是她不幸被选中成为唤醒伊列塔瑟的太阳贞女。亚瓦尔是个有地位、有名声的贵族战士，不知情的比鲁卡认为阿古莉雅如果嫁给他才会得到幸福，因为自己只是身份卑微、孤苦无依的牧童而已。基特王国 (另译基图)这时想要抢夺伊列塔瑟的力量，于是塔汪汀苏（即印加帝国）决定出兵平定。亚瓦尔不愿意放弃阿古莉雅，但是王子瓦思卡尔并不允许。亚瓦尔原本是一个小国的王子，在塔汪汀苏大军征服之后被俘虏，他之所以会有今天的身份地位与名声都是拜瓦思卡尔所赐。印加王任命比鲁卡为另一位王子亚达瓦帕麾下效命，亚瓦尔也投身于瓦思卡尔王子的军队中。当比鲁卡得知阿古莉雅被选为太阳贞女后，对亚瓦尔没有尽到保护的责任非常不谅解。其实亚瓦尔也是无能为力的，只能眼睁睁看着他心爱的人被送上祭坛。经过激烈的战斗，塔汪汀苏终于征服了基特王国，但是比鲁卡也身受重伤。这时老王瓦讷卡巴克（另译瓦伊纳?卡帕克）驾崩，两位王子为了争夺伊列塔瑟以继承王位而爆发内战。然而亚瓦尔却趁情势混乱的时候夺取伊列塔瑟的力量，意欲将混乱的世界毁灭，以重新建立自己心目中的理想国度，引发比鲁卡的反对与阻止，两人成为敌人，最后也都牺牲了。接着恩怨持续转承至现代，那些在馆与三浦周围，其前世同样为印加帝国的战士与神官的人们也逐渐苏醒了。馆意图重新发动伊列塔瑟的力量毁灭世界，三浦欲再度阻止，那些觉醒的人们分别支持他们两人的作法而形成两边敌对的阵营互相斗争，三浦恭资在自己与比鲁卡、杀与不杀自己恩师的矛盾之中，要如何解除这个危机呢？