《大漠追凶》的故事背景设定在一个充满古代中国江湖气息的虚构时代。影片开篇,一起离奇的夜明珠被劫案震惊了整个江湖,大侠余青峰因此被卷入了一场莫须有的冤屈之中。在这个关键时刻,他遇到了一个聪明勇敢的小女孩,她成为了余青峰寻找真相的重要伙伴。在捕头王5日之限的压力下,余青峰没有退缩,他决定与小女孩并肩作战,共同揭开这起劫案的真相。