《超时空要塞》作为一部经典的电视动画作品，其故事背景设定在一个外星战舰坠落地球的科幻世界。在1999年，这艘战舰经过十年的修复，被重新命名为“MACROSS”。到了2009年，“MACROSS”要塞上正举行着偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会。然而，就在演唱会进行得如火如荼之时，突然响起了空袭警报，要塞开始变形。在这场激烈的战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗机，勇敢地救下了被困的林明美。两人因此结识，成为了亲密无间的朋友。为了能够让林明美更加开心，辉偷偷地驾驶教练机，带着她进行了一次刺激的兜风之旅。然而，在这次看似平静的兜风之旅中，却隐藏着一场惊心动魄的危机。原来，敌人早已潜伏在暗处，等待着机会发动攻击。在这危急关头，林明美的好友早濑未沙（土井美加 配音）也及时出现，与辉并肩作战，共同抵御敌人的进攻。经过一场惊心动魄的混战，辉、林明美和早濑未沙终于成功击退了敌人的进攻，保住了他们的安全。然而，在战斗结束后，他们发现自己竟然身处一个荒芜的星球之上。在这个星球上，他们了解到了一段关于古代文明的往事。原来，在很久以前，这个星球上的一个叫“普罗多”的古代文明已经发展到了顶盛时期。他们通过遗传密码实现了无性繁殖后代，从而迅速崛起。然而，随着国家的不断扩张和人口的不断增加，最终导致了国家的分裂。一部分人组成了由男性组成的“杰特拉帝”，而另一部分人则组成了由女性组成的“赫而特兰帝”。这两个帝国为了争夺资源和领土，展开了长达数万年的内战。在这场战争中，文明经历了前所未有的衰退和破坏，曾经辉煌的文化和知识被遗忘殆尽，整个社会陷入了混乱和黑暗之中。而“普罗多”文明所经历的一切，似乎与这场战争有着千丝万缕的联系。在荒芜星球上的这段经历让辉、林明美和早濑未沙深刻认识到和平的重要性以及维护和平的紧迫性。他们决定要揭开这段历史的真相，寻找拯救两个帝国的方法，从而避免类似的悲剧再次发生。