在漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警察机关，他的目标是窃取一份极其重要的机密文件。这份文件包含了英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”以及“FBI”等世界知名谍报机构的相关人员名单。一旦这份文件落入敌手，后果不堪设想。就在间谍即将得逞之际，安室透带领的日本公安迅速赶到现场。一场惊心动魄的追逐战随即展开，高速公路上的车辆纷纷被卷入其中。情势一度十分危急，眼看一场惨剧即将发生。然而，在关键时刻，FBI赤井秀一挺身而出，用来复枪射中了间谍的车辆，导致其坠入大海。第二天，柯南和他的朋友们来到了东都水族馆游玩。他们在巨大的摩天轮底下意外地发现了一位独自一人且负伤的美丽女子。令他们惊讶的是，这位女子竟然失去了记忆，而且她的眼睛是阴阳眼，这让他们感到非常奇怪。出于善意，柯南等人决定帮助这位女子寻找失去的记忆。然而，他们的善举早已被贝尔摩德暗中监视着。贝尔摩德是一位狡猾且经验丰富的间谍，他对柯南等人的行动充满了怀疑和警惕。他担心柯南等人会干扰他的计划，因此决定暗中阻挠他们。在帮助神秘女子寻找记忆的过程中，柯南等人不仅揭开了一个个谜团，还遭遇了越来越多的危险。他们不仅要面对间谍的追杀，还要应对贝尔摩德的阴谋诡计。然而，他们并没有放弃，而是坚定地迎难而上。在这个过程中，柯南等人逐渐发现了这位神秘女子的真实身份。原来，她是一位国际间谍组织的成员，专门负责窃取各国的机密文件。由于她的任务失败，导致了严重的后果。而她也因此受到了组织的惩罚，失去了记忆并流落街头。柯南等人决定将这位神秘女子带回警察局进行审讯。在审讯过程中，他们发现了一份惊人的秘密文件。这份文件揭示了一个惊天的阴谋：原来，这个神秘女子并不是真正的敌人。她的上级为了掩盖自己的罪行，不惜派出了一个强大的间谍团队来追杀她。而这位神秘女子则是因为在执行任务时误入了陷阱才失去了记忆。