《火烧红莲寺》的故事背景设定在清朝时期，少林寺因图谋反清复明而被清兵剿灭，少林弟子们星散，清廷鹰犬紧追不舍。在这个乱世中，少林俗家弟子方世玉与师叔至能大师以及妓女豆豆意外相遇并结缘。三人逃至荒漠之中，却再次被清兵围困。至能大师不幸惨死，方世玉和豆豆被带回红莲寺。红莲寺由神公掌控，他逼迫众多少林弟子为奴。昔日少林俗家弟子洪熙官也屈服于神公，成为其工头，并与方世玉展开激烈搏斗。方世玉不幸被神公暗算，生命垂危。豆豆为了救方世玉，不惜一切代价。面对红莲寺的残酷压迫，一众少林弟子终于下定决心，决定冲出红莲寺，重返自由。
