《我的孩子,你在哪》的故事背景设定在日本江户时代,这是一个社会动荡、武士阶层与平民阶层矛盾尖锐的时代。主人公志村菊子(由著名演员饰演)是一位普通的家庭主妇,她的生活原本平静而幸福,然而一场突如其来的变故打破了这一切的宁静。她的丈夫在一场冲突中不幸身亡,而年幼的儿子在新婚之夜神秘失踪,这让志村菊子陷入了无尽的痛苦与绝望之中。为了寻找儿子,她毅然决定离开熟悉的家乡,踏上了一段漫长而艰辛的寻子之路。