《次长在恋爱中》的故事背景设定在日本江户时代，主人公是一个年轻有为的小官吏，名叫吉岡。在一次偶然的机会中，吉岡向自己的女上司，一位美丽而聪慧的女性，表白了自己的爱意。然而，女上司对吉岡的感情却含糊其辞，让吉岡感到困惑和不安。为了揭开真相，吉岡开始调查女上司的过去，结果却意外地发现了一个令人震惊的秘密——女上司竟然有一个金屋藏娇的女朋友！这个秘密让吉岡陷入了深深的痛苦和挣扎，同时也让他对女上司的感情产生了新的认识。在这个过程中，吉岡逐渐成长为一个更加成熟和坚定的人。
