《爱神巧克力》的故事围绕着普通高中生江浩一展开。江浩一是一个极度怕麻烦的男孩，某天突然成为了全校女生的后宫之王，同时被众多美女同学表白。他本人对此一无所知，因为他对这些女生根本不认识。随着剧情的发展，江浩一逐渐揭开了自己身世的秘密，以及他与这些美女之间复杂的关系。原来，这一切都与一个名为爱神巧克力的神秘组织有关。这个组织利用江浩一的善良和意外，让他成为了他们的棋子。江浩一必须在有限的时间内，解开这个谜团，阻止爱神巧克力的阴谋。
