在相信魔法存在的神秘东方，小魔女琪琪（小芝风花饰）怀揣着成为魔女的梦想，终于迎来了她13岁的月圆之夜。在这个特殊的夜晚，她带着她忠实的伙伴——黑猫吉吉（寿美菜子配音），告别了亲爱的父母（筒井道隆饰和宫泽理惠饰），踏上了为期一年的修业之旅。琪琪选择了一个位于大海中央的港口城市克里克，希望在这里实现她的梦想。
