《甜言蜜语1999》的故事发生在一个与世隔绝的海岛小渔村，这里的生活节奏悠闲而又简单。主人公阿水（古天乐饰）是一个忠厚善良的哑巴男孩，他独自经营着一个家庭旅馆兼杂货铺，过着自给自足的生活。每天傍晚，阿水都会站在面向大海的平台上打沙包，坐在木架边吹口琴，享受着海风拂过的宁静时光。在这个宛如世外桃源的地方，阿水与假小子般的女孩小四喜（蒙嘉慧饰）成为了形影不离的好朋友，他们一起分享着生活的点点滴滴，彼此陪伴，共同度过了一段无忧无虑的童年时光。然而，这种平静的生活很快就被打破。一个来自香港的度假姑娘雯雯（蒙嘉慧饰）来到了这个渔村，她的到来为阿水和小四喜的生活带来了新的活力。雯雯美丽温柔，她的到来让阿水和小四喜感受到了前所未有的快乐。她们一起游玩、一起分享彼此的故事，彼此之间的友谊日益深厚。在这段相处期间，阿水对雯雯的感情逐渐升温，但他始终缺乏勇气向她表白自己的心意。三年后，小四喜因为学业原因离开了渔村，独自一人踏上了追梦的旅程。而阿水则依旧留在了岛上，继续守护着他的家庭旅馆。他每天都会去海边打沙包、吹口琴，仿佛在通过这种方式来缅怀小四喜的离去。然而，在他内心深处，对雯雯的思念却从未停止过。为了能够再次见到雯雯，阿水鼓起勇气决定去香港找她。他收拾好行囊，踏上了前往香港的旅程。然而，命运似乎并不愿意放过阿水。在前往香港的路上，他遭遇了一系列意想不到的困难和挑战。但这些都没有让他放弃追回雯雯的决心。阿水历经千辛万苦终于来到了香港，他按照雯雯留下的线索找到了她曾经住过的木屋。当他推开门看到雯雯时，所有的疲惫和苦难都烟消云散了。两人紧紧相拥在一起泪水夺眶而出。那一刻他们感受到了彼此之间深厚的爱意和无法割舍的情感。在接下来的日子里阿水和雯雯开始重新审视他们之间的关系。他们回忆起过去一起度过的美好时光感叹着时间的流逝和岁月的变迁。同时他们也坦诚地面对了彼此之间的问题和矛盾。在相互理解和包容的基础上他们的感情变得更加深厚和坚定。最终阿水鼓起勇气向雯雯表白了自己的爱意。他告诉她自己一直都喜欢着她一直在等待着她的到来。雯雯被阿水的真诚和勇气深深打动她紧紧抱住了阿水回应了他的表白。从此以后他们开始了幸福的生活共同面对生活中的种种挑战和困难。他们的爱情故事也成为了岛上流传的一段佳话激励着更多的人去追寻属于自己的幸福。