《妹妹公主》是一部融合了青春、友情与爱情元素的日本历史剧。故事围绕天才学生海神航展开，他因一时糊涂导致高中落榜，却意外地被送到了位于希望之岛的星见丘西学园。在这里，海神航遇到了四个自称是妹妹的女孩，并逐渐发现自己拥有了一群妹妹。随着剧情的发展，海神航与妹妹们之间的情感纠葛、学校生活的点滴以及他们共同经历的冒险，构成了一幅温馨感人的画卷。每个女孩都有独特的个性和背景，她们对海神航的感情从最初的误解和隔阂，逐渐转变为深厚的亲情和友情。海神航也在这个过程中学会了责任、勇气和爱。
