《京城四少2004》是一部年代剧，讲述了年幼遇劫的四兄弟在乱世中失散，各自背负国难、家仇，在尘世情感中觅得归处的故事。童善，身为清官，担任总理衙门督办，他带领一家老小在振武堂总镖师柳云天的护送下，从回疆返回京城。然而，途中他们遭遇了抢匪胡笑天的抢劫，这场突如其来的变故导致四兄弟失散。童善的四子童玉官在混乱中侥幸逃脱，而其他三个儿子则下落不明。四兄弟各自拥有四分之一扇形玉佩，这成为了他们日后相认的唯一信物。童家的长子古人杰被抢匪头子胡笑天收养，改名古庆三，他为人狡猾，为了私利不惜做出种种恶行。德仰仲，作为清廷皇戚，觊觎回部武将霍刚的妻子美色，竟然诬陷霍刚强娶皇上召选的秀女，导致霍家遭受灭顶之灾，只有稚女霍青桐在奶娘的保护下逃过一劫，隐姓埋名，后来更名为小钗，成为名妓。铁蛋，童家老三，在一次偶然的机会中与童玉官结为莫逆。铁蛋虽然性格油滑，但内心纯真率性，一直挚爱着小钗。而小钗在“百花楼”中长大，她卖艺不卖身，以舞择人。在一次偶然的机会中，铁蛋与童玉官结为朋友，两人的友谊日益深厚。与此同时，叶雨桐和她的父亲叶牧师在募款兴建学校的过程中，结识了古人杰。古人杰以巨款相助，引起了叶雨桐的不满。两人不打不相识，渐生情愫。然而，古庆三为了私利，不惜破坏教堂，导致叶雨桐颜面受损。杜奎是抢匪胡笑天的手下，在一次意外中，他带着童家次子杜立寒逃亡，隐姓埋名，靠着一间豆腐店维生。杜立寒是一个热血青年，他常常与教堂和叶雨桐父女谈论国家大事，偶遇小钗后，二人一见钟情。振武堂镖师柳云天和他的女儿芽儿相依为命，而九姨娘对柳云天有意，芽儿又心仪铁蛋，这使得两家人之间产生了许多矛盾和纷争。铁蛋在得知玉官对芽儿有意后，便一心撮合二人。小钗误以为杀父仇人是童善，于是夜刺童善。童善发现霍家血案疑点颇多，便说服小钗，二人联手缉查真凶。童善和柳云天在追查过程中，对古庆三的行径产生了怀疑。古庆三为了掩盖自己的罪行，一方面杀死杜奎灭口，另一方面又以伪善的面目获得铁蛋等人的好感。古人杰在“余庆钱庄”中发现古庆三的种种恶行，并证实古庆三就是造成童家四兄弟失散的抢匪。为了报仇，古人杰答应入赘德家与锦云完婚，同时伺机报仇。杜立寒在叶雨桐的引荐下，与古人杰相遇，两人携手投身革命工作。杜立寒因革命活动被官兵捉拿，铁蛋等人联手营救，终于让杜立寒得以脱逃。然而，童善却遭德仰仲陷害，被关入大牢，童家生活陷入困境。人杰得知玉官是失散的四弟后，暗中资助玉官。芽儿在众人营救杜立寒的过程中，阴错阳差地嫁给了玉官。虽然对铁蛋心存怨恨，但芽儿渐渐发现玉官的善良纯真，最终接受了玉官，两人结为夫妻。古庆三垂涎小钗美色，欲占为己有。然而，德仰仲一见小钗便强行纳为妾室，这使得古、德二人间的矛盾愈发尖锐。小钗为了确定德仰仲是否为杀害全家的仇人，不顾众人反对，同意嫁入德府寻找证据。在德府中，小钗的行动受到限制，她偶然见到德仰仲悄悄进入一间书房，心中颇为疑惑。一日，小钗进入书房，看到亡母画像悬挂于书房中，不禁悲痛不已，从而确定德仰仲就是杀害全家的仇人。小钗欲刺杀德仰仲却失手，被德仰仲强灌汤药，失去记忆后被关入柴房。铁蛋欲闯德府救小钗，却被古人杰制止。古人杰一再制造德仰仲和古庆三之间的矛盾和冲突，古庆三在大势已去、身份暴露后举枪自杀。德仰仲也在得知女儿锦云和家仆珠胎暗结，锦云和人杰从未成为夫妻时，气结中风。一日，德府突然大火，德仰仲目睹家产付之一炬。大火中，古人杰为救锦云而身受重伤双眼失明。而叶雨桐在教堂失火时并未身亡，她栖身于医院中成为一名医护人员。雨桐在医院遇到人杰，二人得以重逢。小钗虽和众人团聚，却不认识众人。铁蛋悉心照料小钗，杜立寒返家，兄弟二人情深意重互让小钗。童善也被放出大牢，与众子相认。