《魔女的香水》的故事围绕着一位名叫白石弥生的白发女性展开。她拥有着用香气引导人们走向幸福的神奇力量。然而,故事的主角并非弥生本人,而是一位名叫若林恵麻的女性。因上司的性骚扰而失去工作的恵麻,在一次偶然的机会下,走进了弥生的香水店。