《名侦探柯南：江户川柯南失踪事件史上最惨的两天》是《名侦探柯南》漫画连载二十周年的特别企划。影片讲述了由于阿笠博士家的浴室故障，柯南与小兰、灰原哀一同前往大众浴池洗澡。然而，在洗澡过程中，柯南不小心滑倒，头部重重地撞击在浴池边缘，瞬间失去了意识。当他再次醒来时，发现自己已被两名神秘的陌生人带走。这两名陌生人不仅外表看似普通，而且举止间透露出一种诡异的熟悉感，让柯南感到一阵莫名的恐慌。他们迅速将柯南转移到一个隐蔽的别墅中，并伪装成他的父母，试图掩盖他们的真实身份。与此同时，阿笠博士和灰原哀正在前往别墅的途中，却不幸遭遇车祸，身受重伤。这起车祸的发生，彻底打乱了原本平静的局势。在别墅中，柯南面临着前所未有的挑战。他不仅要面对两名神秘陌生人的威胁，还要努力寻找线索，揭开他们背后的真实身份。而灰原哀则利用自己的医学知识，为伤者提供紧急救治。她深知，只有尽快恢复大家的健康，才能找到解开谜团的关键。随着时间的推移，柯南逐渐发现，这两名神秘陌生人并非等闲之辈。他们似乎与近期发生的多起恐怖袭击事件有关联，而他们的目的，竟然是制造一场炸弹爆炸，以达到某种不可告人的目的。与此同时，在城市的另一角落，水岛早苗正焦急地四处寻找丈夫近藤的踪迹。她怀疑近藤可能背叛了她，与某个神秘女子有着不可告人的关系。为了揭开真相，她找到了毛利小五郎，希望他能帮助自己调查丈夫的行踪。毛利小五郎接到任务后，立刻展开了调查。他凭借敏锐的洞察力和多年的办案经验，逐渐发现了近藤的异常行为。然而，就在这时，近藤突然失踪了，留下了一封神秘的信件，信中只留下了一个日期和时间。这个日期和时间，正是即将发生的炸弹爆炸的时间。小五郎和他的伙伴们开始紧张有序地展开调查。他们通过各种途径收集线索，试图找到近藤的藏身之处。在这个过程中，他们遭遇了来自犯罪团伙的阻挠和威胁。然而，他们并没有退缩，而是勇敢地面对挑战，凭借智慧和勇气一步步接近真相。最终，在一场惊心动魄的较量和斗争中，小五郎和他的伙伴们成功阻止了炸弹爆炸的发生，揭露了犯罪团伙的邪恶阴谋，还柯南一个清白，同时也为早苗找回了丈夫。