《特种兵归来2：黑色罂粟》是一部集紧张刺激、智勇双全于一体的科幻动作片。影片开头，龙卫、陆大山、马跃三位特种兵接到紧急呼叫，得知了黑色罂粟计划的相关内容。他们迅速与雅塔取得联系，共同商讨对策。雅塔不仅提供了黑色罂粟计划的关键信息，还带领龙卫等人找到了被困在私人医学实验中心的生物学博士研究生露娜。露娜向龙卫等人讲述了她的经历，原来她是一名生物学博士研究生，因不堪忍受海亚博士对她的实验研究的虐待而逃出了实验室。海亚博士正在研发一种名为黑色元素的基因毒素，这种毒素会将人对毒品的渴望增加数百倍，甚至让人变得疯狂。黑色元素是基于第16号染色体中部的ABCC11基因上第538位碱基突变的原理研制的基因毒素，这种基因突变在中国人中占比高达95%，在华北等中原地带更是高达99%。龙卫等人意识到，黑色罂粟计划可能对全球造成极大的危害，于是决定深入敌后，摧毁这个邪恶计划。他们冒充雇佣兵，混入医学中心，成功占领了监控室，并根据露娜提供的实验室位置，层层闯关，攻入实验室。然而，在他们准备截获海亚博士和黑色元素成品时，雅塔却突然调转枪口，将龙卫等人拷住，并在黑狐的监控下枪杀了他们。雅塔此举是为了换取她父亲——藤国前总统坤恩的自由身。原来，雅塔与黑狐有一个约定：用三个血狼的性命和海亚博士、黑色元素、配方数据，换取坤恩的自由身。然而，当雅塔见到前来交接的蝰蛇和麋鹿时，却失望地发现他们并没有带来坤恩，而是将梅姐等人全都击毙，抢走了海亚博士和箱子。雅塔多亏了梅姐的保护，才躲过追杀。为了揭露黑狐的罪行并救出父亲，龙卫决定将计就计，通过演这场戏来确定黑狐的藏身老巢，消灭黑狐。他们在海亚博士的体内射入了一个微型卫星追踪器，最终确定了黑狐的藏身之处。经过一场惊心动魄的激战，龙卫等人成功突破防线，击毙了蝰蛇和麋鹿，闯入到秘密基地的主建筑中。在建筑内，龙卫等人发现了被加密的电脑文件，他们必须在十二小时内破解文件密码，阻止黑色元素的进一步扩散。经过一番努力，他们终于成功破解了密码，阻止了黑色元素的发送。然而，在关键时刻，龙卫却意外地发现了一个惊天的秘密——黑狐竟然是雅塔的父亲坤恩。面对如此强大的敌人，龙卫等人没有丝毫退缩的意思。他们决定联手对抗黑狐，保卫世界的和平与安宁。经过一场惊心动魄的决战，龙卫等人终于成功击败了黑狐，解救了被囚禁的父亲坤恩。而这一切，都要从一次偶然的紧急呼叫开始说起……