《黑狱断肠》以六十年代的香港为背景，讲述了记者程安（梁朝伟 饰）因揭露警界贪污黑幕而被探长张耀祖（吴毅将 饰）陷害入狱的故事。在狱中，程安饱受折磨，但他凭借正气与知识为犯人争取权益，逐渐获得尊重。探长张耀祖不仅对程安进行陷害，还玷污了他的女友小慈（张文慈 饰）。然而，程安并未屈服于黑暗，他借助报界朋友的力量为“三只脚”（徐锦江 饰）洗清冤屈，并让张耀祖受到应有的惩罚。影片通过程安的遭遇，展现了正义与邪恶的较量，令人深思。
