《方世玉与乾隆皇》的故事背景设定在清朝乾隆年间，这是一个国家繁荣昌盛但民间仍有反清组织的时期。乾隆皇帝（张兆辉饰）是清朝的一位有为的君主，他致力于推行“满汉一家”的政策，以凝聚国家力量。然而，这一政策受到了太后和军机大臣鄂尔泰的强烈反对。鄂尔泰主张维持满族的特殊地位，以确保满族的利益。乾隆皇帝对于太后的反对意见感到不满，他决定采取行动来推行自己的政策。然而，他的计划却被太监小桂子（邓兆尊饰）泄露给了太后和鄂尔泰。为了实现自己的目标，乾隆皇帝决定与小桂子一起潜出宫，伪装成普通人，以便更好地了解民间疾苦，推行自己的政策。在江南地区，乾隆皇帝和小桂子遇到了一个名叫童不悔（陈佩珊饰）的姑娘。童不悔是一个聪明伶俐的女子，她与乾隆皇帝和小桂子一见如故，成为了朋友。然而，她的哥哥童千斤（林文龙饰）却是一个凶恶的人，他与方世玉之间有着深仇大恨。在一次偶然的机会中，乾隆皇帝和小桂子遇到了方世玉（谭咏麟饰）。方世玉是一个以孝顺和正义著称的年轻人，他与童千斤之间的恩怨情仇也在此时展开。方世玉和小桂子联手打败了童千斤，保护了童不悔的安全。随着剧情的发展，乾隆皇帝和小桂子继续在江南地区展开冒险，他们遇到了许多有趣的人物和事件。在这个过程中，他们逐渐了解了民间疾苦，也更加坚定了推行“满汉一家”政策的决心。然而，他们的计划却遭到了太后的强烈反对。太后和鄂尔泰联手陷害乾隆皇帝，使他陷入了困境。在这个关键时刻，方世玉和小桂子挺身而出，帮助乾隆皇帝化解了危机。经过一系列的斗争和考验，乾隆皇帝终于战胜了太后的反对，继续推行自己的政策。在故事的最后部分，乾隆皇帝成功地平定了反清组织的叛乱，维护了国家的稳定和繁荣。他继续推行“满汉一家”的政策，促进了汉族和满族之间的融合。方世玉和小桂子的冒险经历也成为了人们茶余饭后的美谈，他们的故事被后人传颂千古。